上海海洋大学博物馆前身为鱼类标本室，由著名鱼类学家朱元鼎于1952年创建，2002年更名为上海水产大学鲸馆并正式开放，2008年改为现名。全馆建筑面积1036平方米，馆藏标本4万号，展出水生生物标本与鱼文化藏品500余种，包括国内罕见的国家二级保护动物、长18.4米的雄性抹香鲸外形标本与骨骼标本以及长达3.3米的国家一级保护动物中华鲟标本。上海海洋大学博物馆积极倡导“人与自然对话”、“人与环境和谐”，努力致力于科学知识的普及和民族文化的传承。