1949年初，国民党南京政府教育部策划将复旦大学迁往台湾。消息传出，全校哗然。以复旦进步教授张志让、周谷城、陈望道，进步学生程极明等1000名师生组成的“教授会”、“讲师助教会”、“学生自治会”、“联谊会”、“工友会”等联合签名，反对迁校。校长章益在地下党学委领导下的进步力量支持鼓励下，坚定站在进步力量一边，明确表示反对迁校。1月19日，他亲自召开有80余名院部负责人参加的谈话会，经过讨论决定：立即组织全校性的应变委员会；决不讨论迁校问题；本学期提前放寒假。2月22日，复旦师生应变委员会宣告成立，章益任主任，教授陈望道、学生程极明任副主任。

　　2月27日，章益赴南京，向国民党政府代总统李宗仁索得应变费，即师生员工及家属每人每月6斗米的一笔款项，用该款统一购买了大批粮食、食用油等物资储存起来。3月，国民党政府再次命章益去台。张志让、章靳以教授和党员学生程极明等在地下党组织的安排下，动员说服章益校长认清形势，留下来迎接解放。章益识大体，明大义，看清了光明所在，决意留下，和师生员工一起护校保产。章益和广大师生最终把一个完整的复旦大学交给了新生的上海和人民共和国。

　　然而，就在4月26日深夜，淞沪警备司令部稽查大队会同国民党上海市警察总局、市政府调查处、宪兵九团出动万余军、警、宪、特包围各大专院校，复旦、交大、同济等高校被抓356人。“四二六”大逮捕是解放战争期间国民党对上海爱国民主运动进行的最后的、人数最多的一次大破坏。学委事先得到敌人要大逮捕的情报，采取了安全防卫措施，党组织和群众团体的指挥系统没有遭到破坏。

　　4月27日，淞沪警备司令部下令强行疏散复旦、交大、同济等15所学校，限30日前疏散完毕。大学的学生党组织和教师党组织通过各个群众组织，发动广大学生、教授、讲师、助教、职工，团结校方，保护了上海所有的大专学校的建筑、图书、仪器、设备和各种人才，为新中国教育事业的发展起了重要作用。