1月13日下午，同济全校1900多名学生（占学生总数的85%）不顾校方阻挠，参加选举自治会理事。当晚，全市80余所大中学校的3000余名学生代表在同济工学院举行了“上海市大中学生救饥救寒运动胜利结束暨同济大学第三届学生自治会改选完成庆功大会”。会上宣布同济大学第三届学生自治会正式成立。

　　校长丁文渊对此气急败坏，14日，丁文渊宣布开除两名学生会成员的学籍，面对疯狂的迫害，学生们奋起反击。15日上午，各学院200多名学生齐集文法学院“红楼”，向校方提出抗议，要求丁文渊收回开除学生的成命，承认第三届学生自治会，但遭校方拒绝。紧接着，18日校方又第二批开除5名、处分4名学生。19日，校方贴出布告，宣布禁止自治会的任何活动。21日又宣布开除4名、处分30名学生。校方一周之内接连三批开除学生11人，处分34人。

　　学校当局的倒行逆施和一意孤行，把学生们逼上了请愿的道路。在校党总支的领导下，成立了学生自治会晋京请愿团，决定请愿团29日上午10时出发开赴南京。

　　1月29日上午10时许，在工学院内已汇集的1000余名请愿学生，在列队赶来的同济各学院、附中、高职和复旦大学学生的配合下，冲出校门，与随后赶到的交大、约大等27所学校的千余名学生代表汇合，在同济工学院门前汇集的学生已达4000余人。当局调集军警、特务近万人，配有装甲车、马队，包围了其美路（今四平路）同济大学工学院，封锁了通向市区的交通要道。国民党上海市长吴国桢等也出现在同济工学院门前。双方对峙到下午3时半，谈判仍无进展，又有5名学生被捕。同学们忍无可忍，准备整队游行。同学们正在整理队伍时，当局的骑巡队驱马向学生队伍冲来，军警挥舞马刀，胡劈乱砍，其美路（今四平路）上顿时鲜血四溅，一片混乱，惨叫声与怒吼声交织在一起。趁混乱之际，军警又抓走8人。学生退到路旁田野，捡起石头泥块英勇还击。在当天的搏斗中，学生共有69人受伤，其中3人重伤，33人失踪，200多学生被捕，国民党统治当局一手制造了“一·二九”血案。

　　随后，中共地下党领导广大学生开展各种斗争，揭露事件真相，营救被捕同学。在学生斗争和社会舆论的压力下，国民党当局陆续释放了大部分被捕学生。最后11名被捕学生在数月之内被法庭宣告无罪，相继获释。同济“一·二九”斗争最终取得了胜利。