作为一条接通临港地区的远郊线路，16号线根据客流量的大小，运营初期将采用3节编组，远期将采用6节编组的运行模式。考虑到长途乘车的舒适安全，列车设计了类似火车的横排座椅，也兼顾了部分郊县乘客大件行李通行的需求。