目前新华医院设有WHO儿童生长发育合作中心、中国遗传医学中心新生儿筛查和遗传代谢病部、卫生部儿童结石病诊疗中心等。新华是国内三级甲等综合性医院中最早建立儿童重症监护病房（PICU）的医院之一，20世纪80年代起建立了儿童急救/危重病专业。近年新闻媒体多次报道全国多个疑难杂症患儿，诸如连体婴儿、复杂先心病、疑难复杂畸形疾病、血液肿瘤儿童、脑肿瘤儿童等都在新华医院得以转危为安。