从表面上看，《水形物语》是一部奇幻的唯美爱情故事，讲述了一位哑女和人鱼之间跨越种族的爱恋故事。哑女埃丽莎在政府实验室里工作，是那里的一名清洁女工。她脖子上有三道与生俱来的伤痕，周围的人都歧视她，叫她小哑巴，只有同为清洁工的黑人泽尔达处处维护她，帮助她。还有一位楼下邻居，穷困潦倒的同性恋插画师与她是相处和睦的朋友。

　　一天，实验室里拉响了高度戒备的警报，一个神秘的装满了水的罐子被送了进来，埃丽莎震惊地发现，罐子里关着一个半人半鱼的怪异生物，科学家团队想要在这怪物身上提炼出能够制造生物武器的物质。可是在埃丽莎眼中，它不过是一个和自己一样孤独的生命体，由于无法忍受实验室对怪物的折磨，埃丽莎开始利用工作间隙偷偷来看这位怪物，经常给他带一些食物。随着时间的推移，埃丽莎和怪物之间竟然产生了心灵感应。当得知实验室的科学家要将人鱼解剖时，埃丽莎悄悄采取了营救行动，在苏联博士和插画师及泽尔达的共同帮助下，把人鱼藏在家里的浴缸里，并与之产生了深厚的感情。

　　哑女埃丽莎对人鱼的保护和爱带动了更多人的加入。爱，显然是这些弱势群体最有力量的武器。这种爱，也最终让实验室负责人暴露了自己的恐惧和空虚，他什么也不是，只是一个让社会机器运转的帮凶，而机器却可以随时碾压他，找到替代品。

　　人鱼失踪之后，实验室负责人气急败坏，在采取各种措施找不到人鱼的情况下，对苏联博士采取了强迫措施。生死面前，那位博士说出了人鱼的去向，出卖了两位清洁工。当他气势汹汹地来到泽尔达家中时，泽尔达依然坚定地缄默不语，她的丈夫却出卖了哑女。这一段也反映了人类趋利避害的特性，人性的弱点暴露无遗。

　　影片中哑女与人鱼在一起的镜头很浪漫唯美，而实验室负责人拿着电棍折磨人鱼与苏联博士的镜头却很血腥，让人不忍卒看。

　　影片的结尾，死亡的哑女被人鱼抱着跃入大海，在人鱼深情的吻中复活，从此永远在一起。

　　爱，可以超越一切，两个孤独的生命惺惺相惜。

　　所以《水形物语》真正想讲述的，是希望观众对自己和所有的生命心存慈悲和悲悯，加深对他们的理解和包容。